La existencia de grandes cuerpos de agua caracterizan la sección norte de la Décima Región, en tanto que los elevados caudales son la principal manifestación de la hidrografía en la zona sur de esta unidad
Las hoyas hidrográficas más importantes son:
Río Maullín: Posee una longitud de 85 km. Su caudal medio es de 100 m3/seg, y un régimen de alimentación netamente pluvial. Nace en el lago Llanquihue y desemboca en la amplia bahía de Maullín y sólo es navegable en su curso inferior por naves de poco calado. Su hoya hidrográfica tiene una superficie de 4.300 km2.
Río Petrohué: Posee una longitud de 36 km. Nace en el extremo occidental del lago Todos los Santos hasta su desembocadura en el fiordo de Reloncaví, en la bahía de Ralún. Su hoya hidrográfica es de 2.640k m2, su régimen de alimentación es pluvial y está regulado por el lago Todos los Santos.
Río Puelo: Nace en el lago Puelo y desemboca en el estuario de Reloncaví después de recorrer 120 km. Tiene un régimen de alimentación pluvial y su caudal medio es de 670 m3/seg. Sus aguas se utilizan en la producción de energía hidroeléctrica en la central Puelo.
Río Yelcho: Nace en el lago Yelcho y desemboca en la ensenada de Chaitén en el golfo de Corcovado. Es alimentado por los ríos Futaleufú, Correntoso, Cascada, Enredadera y Malito. Tiene una extensión de 246 km y una hoya hidrográfica transandina de 11.000 km2. Su régimen de alimentación es pluvial y su caudal medio es de 360 m3/seg. Es navegable a excepción de su desembocadura
